В центре сюжета аниме «Цветы зла» находится старшеклассник Такао Касуга, который считает, что его жизнь завершилась три года назад, и с тех пор он просто существует в серых буднях. В прошлом он учился в другой школе, погружаясь в произведения Бодлера и мечтая о своей однокласснице Нанако — умнице и красавице.
Однажды, оставаясь после уроков в пустом классе, Такао заметил, как из шкафчика выпала физкультурная форма Нанако. Не в силах устоять перед искушением, он решает прикоснуться к ней и, в итоге, забирает её с собой. Однако этот неожиданный поступок не остался незамеченным — его одноклассница Сава Накамура стала свидетелем инцидента. Вместо того чтобы сообщить о воровстве учителям, Сава решает шантажировать Такао, заставляя его совершать всё более безумные поступки.
Эта история о внутренней борьбе, юношеских порывах и последствиях выборов, которые могут изменить жизнь. «Цветы зла» — это не просто аниме, а глубокая драма о поисках себя и столкновении с собственными демонами.